在使用量化軟件BDF完成Azulene的基態(tài)和激發(fā)態(tài)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化、頻率計(jì)算以及非絕熱耦合的計(jì)算，并計(jì)算完MOMAP輸入文件中需要的參數(shù)后，接下來(lái)將使用MOMAP軟件對(duì)azulene的S1→S0的輻射速率和內(nèi)轉(zhuǎn)換速率進(jìn)行計(jì)算，通過(guò)對(duì)比輻射速率和內(nèi)轉(zhuǎn)換速率來(lái)解釋azulene的S1→S0的熒光難以被觀測(cè)到的原因。 首先計(jì)算S1→S0的熒光輻射速率，第一步為做電子振動(dòng)耦合（electron-vibration coupling, EVC）計(jì)算，該計(jì)算基于量化計(jì)算輸出的分子振動(dòng)頻率、力常數(shù)矩陣，同時(shí)在內(nèi)坐標(biāo)以及直角坐標(biāo)系下，計(jì)算分子躍遷發(fā)生初末態(tài)間的模式位移、黃昆因子、重整能以及Duschinsky轉(zhuǎn)動(dòng)矩陣。 將bdf的S0優(yōu)化頻率計(jì)算結(jié)果改為azulene-s0.out，將S1的計(jì)算結(jié)果改為azulene-s1.out，同時(shí)放在EVC計(jì)算文件夾中。

EVC計(jì)算的輸入文件momap.inp為：

do_evc = 1

&evc

ffreq(1) = "azulene-s0.out"

ffreq(2) = "azulene-s1.out"

proj_reorg = .t.

/

提交腳本文件momap.slurm，任務(wù)運(yùn)行結(jié)束后，生成如下文件

其中 evc.cart.dat 為利用直角坐標(biāo)系計(jì)算得到的模式位移、黃昆因子、重整能以及 Duschinsky 轉(zhuǎn)動(dòng)矩陣的結(jié)果；而evc.dint.dat 為內(nèi)坐標(biāo)計(jì)算模式位移、黃昆因子、重整能，直角坐標(biāo)計(jì)算Duschinsky轉(zhuǎn)動(dòng)矩陣的結(jié)果。

打開(kāi)evc.cart.dat文件，查看總重整能的數(shù)值：

并與evc.dint.dat文件中的數(shù)值進(jìn)行比較：

比較 evc.cart.dat 以及 evc.dint.dat 文件內(nèi)的重整能，若重整能相差不大（< 1000 cm-1），使用evc.cart.dat文件進(jìn)行后續(xù)計(jì)算，若重整能相差較大（一般情況evc.cart.dat大于evc.dint.dat），使用evc.dint.dat文件進(jìn)行后續(xù)計(jì)算。這里兩者較為接近，且數(shù)值較為合理（<10000 cm-1），可使用evc.cart.dat進(jìn)行下一步S1→S0的熒光輻射速率計(jì)算。 此外，還可以根據(jù)EVC計(jì)算的結(jié)果文件做更多的后處理。 evc.dx.x.com和evc.dx.x.xyz為兩個(gè)電子態(tài)分子疊加圖，其中evc.dx.x.com可用GaussView打開(kāi)，在View-Display Format-Molecule中選擇Tube類型，顯示如下：

evc.dx.x.xyz可用Jmol軟件打開(kāi)，顯示如下：

evc.dx.v.xyz也是分子態(tài)疊加圖，用Jmol軟件打開(kāi)，選擇顯示-矢量-0.1A，顯示如下：

evc.cart.abs為Duschinsky矩陣文件，可用來(lái)畫Duschinsky矩陣二維圖?？梢栽贒evice Studio中，選擇Simulator-momap-analysis，打開(kāi)evc.cart.abs文件，顯示如下：

同樣的方法打開(kāi)evc.dint.abs文件，可在ColorType下拉選框選擇顯示顏色，顯示如下：

Duschinsky矩陣都是用直角坐標(biāo)計(jì)算的，二者選一即可。 將evc.vib1.xyz和evc.vib2.xyz文件與evc.cart.dat文件放在同一路徑下，在Device Studio中，選擇Simulator-momap-analysis，打開(kāi)evc.cart.dat文件，出現(xiàn)基態(tài)和激發(fā)態(tài)下各個(gè)振動(dòng)模式對(duì)應(yīng)的重整能和黃昆因子圖，顯示如下：

點(diǎn)擊Choose Color可以改變線的顏色，改變Set Width中的數(shù)值可改變線的粗細(xì)。點(diǎn)擊圖中的線，右側(cè)結(jié)構(gòu)將展示相應(yīng)的振動(dòng)模式。振動(dòng)的快慢可通過(guò)Animation Frequency調(diào)整，振動(dòng)的幅度可根據(jù)Displacement Amplitude顯示。